但开发商不承认，怎么办才好？

工程抵款房是能买的。但购买该类房屋，在办理相关手续的时候要注意直接和开发商签订商品房买卖合同，其次，要注意开发商是否取得商品房预售许可证，没有预售许可证的房子是不能进行出售的，针对此类房子，要在和开发商签订购买协议的时候，约定开发商如果不能按期交付房屋所应该承担的违约责任，尽可能地加重违约责任，防止开发商逃避责任。
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可以通过法律途径解决，起诉开发商
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依据你们合同约定处理